世界卫生组织发布的世界医疗体系排行榜中，马耳他世界排名第五，远高于加拿大，澳大利亚和美国等发达国家。当地医护人员素质非常高，医生几乎都是博士毕业，医患比例是1：255，远远高于国内的1：1500。

购买了医疗保险后，可在马耳他享受免费医疗，全国的居留按照居住地分为5个片区，每个区都有一所24小时运行的医疗中心，居民只要凭身份证就可以就诊，全科医生根据病情决定是自己治疗还是转到公立医院，所有的诊费免收，急诊用药免费，一般用药则需凭处方自己去药店购买。

另外，中医在马耳他已经扎根许久，早在20世纪70年代，中马就开始联合开办中医科和针灸中心，1994年马耳他“地中海地区中医中心”成立，到目前为止，已接待病人数万人次，治疗病种涉及临床各科的多种常见病、多发病。2008 年，圣母医院中医门诊揭幕。